Байгалийн унаган төрх, соёлын дурсгалт зүйлс, нэн ховор, ховор амьтан, ургамал, тэдгээрийн тархац нутгийг хамгаалах, газрын доройтлыг нөхөн сэргээх зорилгоор Говь-Алтай аймгийн нийт нутаг дэвсгэрийн 57,9 хувийг улсын болон орон нутгийн тусгай хамгаалалтад авсан байна. 

Тодруулбал, 2017-2020 онд Говь-Алтай аймгийн БОАЖГ-аас 9 сумын 20 газрыг Ашигт малтмалын газрын Кадастрын хэлтэст бүртгүүлэн баталгаажуулснаар орон нутгийн тусгай хамгаалалттай газар нутаг 49 га талбайгаар нэмэгджээ. Харин улсын тусгай хамгаалалтад 2019 оны тавдугаар сард Говийн их дархан цаазат газрын “Б” хэсгийг өргөтгөсөн бол “Сухай хайрхан” уулыг байгалийн нөөц газрын ангилалд багтаасан байна. 

Ингэснээр Говь-Алтай аймгийн нийт газар нутгийн 4784270.43 га буюу 33,8 хувь нь улсын тусгай хамгаалалт, 3417215.241 га талбай буюу 24,1 хувь орон нутгийн тусгай хамгаалалтад хамаарагдаж буй юм.